在上集打败密探史密斯、救出墨菲斯之后，NEO随同亲密爱人翠尼蒂和其他战友一起，乘坐飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。 　　就在这时，矩阵系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，积弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，眼看就要失守，NEO必须和他的战友们一起将敌人彻底消灭！